Struktur organisasi Fakultas Ekonomika dan Bisnis mengalami perubahan yang cukup signifikan dalam beberapa tahun terakhir. Sejak tahun 2004, Fakultas Ekonomika dan Bisnis melakukan perampingan struktural. Berubah dari lazimnya, di mana Dekan selalu dibantu oleh 3 orang Pembantu Dekan, dalam perubahan tersebut Dekan hanya dibantu oleh seorang Wakil Dekan yang menangani bidang akademik, koordinator bidang kemahasiswaan dan seorang Sekretaris Fakultas (tenaga administratif) yang mengelola berbagai aspek administrasi di lingkungan Fakultas Ekonomika dan Bisnis (lihat bagan struktur organisasi Fakultas Ekonomika dan Bisnis). Hal ini makin menguatkan prinsip lama yang digunakan yakni simple form, lean staff.Disamping itu, pada tingkat Program Studi terdapat jabatan Sekretaris Program Studi yang sebelumnya dijabat oleh tenaga akademik/dosen, sekarang dijabat oleh tenaga administratif. FEB memiliki empat Unit Penunjang Akademik (UPA), tiga UPA secara spesifik di bawah program studi yaitu MARTCON, CENOPYS, dan CARD dan satu UPA lintas progdi yaitu CEMSED. Seluruh UPA mengambil peran pada bidang Penelitian & Pengembangan, dan konsultasi, termasuk pengabdian masyarakat. Keempat UPA tersebut juga berperan sebagai tangan kanan Fakultas dalam rangka membangun jejaring dengan lembaga swasta dan pemerintah, dalam dan luar negeri.